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1、 标本间的交叉污染：标本污染主要包括采集标本的容器被污染，或因密封不严造成标本从容器中漏出，或标本粘附在容器外造成交叉污染；核酸模板提取过程中，吸样枪污染导致样本间污染；一些微生物标本，尤其是病毒，可以随气溶胶传播或形成气溶胶，造成相互污染。
2、 PCR试剂污染：主要是由于PCR试剂制备过程中加样枪、容器、双蒸水等溶液污染了PCR核酸模板。
3、 PCR产物污染：这是PCR反应中最重要也是最常见的污染问题。由于PCR产物的拷贝数较大(一般为1013拷贝/ml)，远远高于PCR检测几个拷贝的极限，所以极少量的PCR产物就能引起假阳性，形成假阳性。PCR产物污染最可能的形式是气溶胶污染。当空气摩擦液体表面时，会形成浮质。当操作过程中剧烈摇动反应管时，打开盖子，吸取样品，用污染注射枪反复吸取样品，会形成气溶胶并被污染。据计算，一个气溶胶粒子可以包含48000个拷贝，因此它所造成的污染是一个值得特别关注的问题。
4、 实验室中克隆质粒的污染：这个问题在分子生物学实验室和一些使用克隆质粒作为阳性对照的实验室中也很常见。因为单位体积克隆质粒的含量相当高，另外，纯化过程中需要更多的工具和试剂，活细胞中的质粒由于活细胞生长繁殖的简单性而具有很强的生命力。污染的可能性也很大。
5、 聚合酶链反应(PCR)是一种用于扩增特定DNA片段的分子生物学技术，可视为一种特殊的DNA体外复制。PCR最大的特点就是可以大幅度增加少量的DNA。所以，只要能从化石中的古生物遗骸和历史人物身上分离出一点点DNA，就可以通过PCR进行扩增和比对。这也是微量证据的力量。1983年，美国的穆利斯首先提出了这个想法，1985年，他发明了聚合酶链式反应，即简单的DNA扩增方法，这意味着PCR技术的真正诞生。现在到了2013年，PCR已经发展到第三代技术。1976年，中国科学家钱家运发现了稳定的Taq DNA聚合酶，为PCR技术的发展做出了基础性贡献。PCR是基于DNA在体外95的高温下会简并成单链，在低温下(通常在60左右)引物和单链根据互补配对的原理结合，然后将温度调节到DNA聚合酶的最适反应温度(72左右)，DNA聚合酶沿着从磷酸到戊糖(5-3)的方向合成互补链。基于聚合酶的PCR仪其实就是一个温控装置，可以很好的控制变性温度、复性温度和延伸温度。
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