清溪镇位于广东省东莞市东南部、深莞惠三市几何中心,与深圳、惠州两市接壤，处于深莞惠半小时经济圈。地理坐标：东经114°5′11″~114°13′48″,北纬22°46′13″~22°54′27″。

东邻惠州市淡水镇；南接凤岗镇，距深圳蛇口深水港码头40公里,距深圳国际机场45公里；西南与西分别与塘厦镇、樟木头镇相连,距虎门镇太平港50公里，距广州市中心100公里；北面与谢岗镇以银瓶山系为界。