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1、 物种灭绝。当外来有害生物侵入新的适宜生长区域时，其种群会迅速繁殖，逐渐发展成为新的当地“优势种”，严重损害当地的生态安全。具体来说，其后果是：第一，外来物种的入侵会严重破坏生物的生物多样性，加速物种的灭绝。生物多样性是一个复杂的系统，具有不同的层次，包括所有的植物、动物、微生物物种及其遗传信息，以及生物和生存环境。虽然一个国家或地区的生物多样性是大自然赋予的，但是任何一个国家都要投入大量的人力物力来尽力维护自己的生物多样性。然而，外来物种的入侵是威胁生物多样性的头号敌人。入侵物种被引入外地后，由于缺乏天敌和其他能限制其在新环境中繁殖的限制性因素，其后果是迅速扩散，大量扩张，形成优势种，与当地物种争夺有限的食物和空间资源，直接导致当地物种的退化甚至灭绝。

2、 破坏生态。外来物种的入侵会影响植物土壤的水分和其他养分，以及生物群落的结构稳定性和遗传多样性，从而破坏当地的生态平衡。例如，从澳大利亚引进的外来物种薇甘菊入侵了中国海南岛和雷州半岛的许多林场。由于这种植物能吸收大量的土壤水分，土壤极其干燥，对水土保持十分不利。此外，薇甘菊还能分泌化学物质抑制其他植物的生长，一度严重影响了整个林场的生产和发展。

3、 威胁健康。比如起源于东亚的“荷兰榆树病”入侵欧洲，曾在1910年和1970年两次造成欧洲大部分国家榆树死亡。另一个例子是40年前引入中国的豚草。其花粉引起的花粉热会对人体健康造成极大的危害。在花粉散布的7-9月，过敏人群会出现哮喘、打喷嚏、流鼻涕等症状，甚至因其他并发症而死亡。

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