夏、商时期，云南属中国九州之一的梁州。殷周时期，云南被称为“百濮之国”。

魏晋南北朝时期，今云南、贵州和四川西南部被称为“南中”。三国时南中部分奴隶主贵族据地自雄，诸葛亮率大军渡泸（今金沙江），平定南中，并调整郡县建置。

隋朝，消除割据势力，云南重新置于中央政府的直接统治之下，唐初继之，基本上恢复了汉晋时期的郡县规模。隋开皇十七年（597年），复开南中，仍置南宁州，领羁縻数十州，后又领于益州都督府。

清朝，顺治十六年（1659年）吴三桂进攻云南，永历帝及其随员逃至缅甸。康熙元年（1662年），永历帝朱由榔及其子被吴三桂从缅甸逮回，绞死在昆明金蝉寺，明朝最后一代王朝覆灭。清康熙年间，吴三桂的叛乱被粉碎。清朝时期大量移民入滇，并推行“改土归流”，边疆部分地区仍保留土司制度。

1950年3月，云南省人民政府成立。