1、资源分配不均：苏区专项计划可能导致资源分配不均，可能会集中在重点地区，而其他地区或群体可能得到较少的支持，从而引发不公平感。

2、腐败和滥用问题：专项计划的实施过程中，存在腐败和滥用资金的风险，可能导致资源浪费、低效性和不透明性问题。

3、地区发展差异：尽管专项计划旨在推动苏区地区发展，但实际效果可能因地区之间发展水平差异较大而存在不平衡，一些地区可能受益较少。