税收协定可以电子税务局申报。电子税务局申报流程：纳税人登录电子税务局-我要办税-税费申报及缴纳-企业所得税申报-非居民企业所得税扣缴报告表-第12行享受协定待遇，选择相应协定条款。办税服务厅现场申报流程：税务人员登录金三系统-功能菜单-申报征收-申报-非居民企业所得税申报-非居民企业所得税自行申报-第12行享受协定待遇，选择相应协定条款。非居民纳税人享受协定待遇，采取自行判断、申报享受、相关资料留存备查的方式办理。非居民纳税人自行判断符合享受协定待遇条件的，可在纳税申报时，或通过扣缴义务人在扣缴申报时，自行享受协定待遇，同时按照本办法的规定归集和留存相关资料备查，并接受税务机关后续管理。